Centrul funcţionează ca unitate de cercetare stabilă şi autonomă, fără personalitate juridică, în cadrul Departamentului de Istorie, Arheologie şi Patrimoniu al Facultăţii de Istorie, Litere şi Ştiinţe ale Educaţiei a Universităţii „1 Decembrie 1918" din Alba Iulia.  

Centrul are o structură proprie de cercetare, cu obiectiv fundamental de cercetare ştiinţifică bine definită, în domeniul istoriei. Temele de cercetare derulate se află în corelare cu cercetările care se desfăşoară la nivelul catedrelor de specialitate din Universitate şi care corespund unor domenii prioritare de studiu, contribuind astfel la rezolvarea unor probleme teoretice fundamentale ale domeniului de cercetare investigat.

Planificarea anuală a activităţii de cercetare din cadrul Centrului de Studii Istorice şi Politologice "Iuliu Maniu" este corelată şi integrată în planificarea anuală a Departamentului de Istorie, Arheologie şi Patrimoniu din cadrul Facultăţii de Istorie, Litere şi Ştiinţe ale Educaţiei a Universităţii „1 Decembrie 1918" din Alba Iulia.